Kanon ၏ ဇာတ်လမ်းသည် ဆောင်းရာသီ အလယ်တွင် တည်ရှိပြီး တူညီသော ယောက်ျားလေးနှင့် ပြန်လည် ချိတ်ဆက်နေသော မိန်းကလေး ငါးယောက် အုပ်စုကို ကိုယ်စားပြုပါသည်။ အဓိကဇာတ်ဆောင် Yuichi Aizawa သည် ဇာတ်လမ်းမစတင်မီ ခုနစ်နှစ်အလိုတွင် ဇာတ်လမ်းတည်သည့်မြို့သို့ သွားရောက်ခဲ့သည်။
အစပိုင်းတွင် Yuichi သည် မြို့သူမြို့သားများနှင့် အလွန်ဝေးကွာသည်။ မပြန်မီတွင် ၎င်း၏ဝမ်းကွဲဖြစ်သူ Nayuki Minase နှင့် သူမ၏မိခင် Akiko တို့နှင့် အတူနေရန် ဆုံးဖြတ်ခဲ့သည်။ Yuichi သည် လွန်ခဲ့သည့် ခုနစ်နှစ်က ဖြစ်ပျက်ခဲ့သည့်အသေးစိတ်အသေးစိတ်အချက်အလက်များမှလွဲ၍ အရာအားလုံးနီးပါးကို မေ့သွားခဲ့ပြီး ကျန်ခဲ့သည့်အရာများကို ပြန်လည်သတိပေးရန်လိုအပ်နေပြီဖြစ်သည်။
Yuichi ပြန်ရောက်ပြီးတဲ့နေ့မှာ သူက မြို့အနှံ့ပြသနေတဲ့ Nayuki နဲ့ အပြင်ထွက်နေပါတယ်။ Nayuki သည် ညစာအတွက် ပစ္စည်းများဝယ်ပေးရမည်ဟု သတိရပြီး Yuichi သည် လမ်းပျောက်နိုင်သည်ဟု ငြင်းခုံကာ သူမနှင့်အတူ လိုက်သွားရန် တွန့်ဆုတ်နေပါသည်။ Nayuki က လမ်းဘေးမှာ စောင့်နေတဲ့ သူ့ကို ထားခဲ့ပြီး ခဏအကြာမှာတော့ Ayu Tsukimiya လို့ အမည်ပေးထားတဲ့ ထူးဆန်းတဲ့ မိန်းကလေးက သူ့ကို သတိပေးချက် အနည်းငယ်နဲ့ ဝင်လာခဲ့ပါတယ်။ ပြန်ကောင်းလာသောအခါတွင် သူမသည် အနီးနားရှိ ကော်ဖီဆိုင်သို့ ဆွဲထုတ်ကာ အရောင်းစာရေးမမှ မတော်တဆ ကြောက်လန့်သွားပြီးနောက် မရည်ရွယ်ဘဲ အိတ်တစ်လုံးကို ခိုးယူသွားကြောင်း ဝန်ခံခဲ့သည်။ ထို့နောက် Yuichi သည် Ayu ကို အရောင်းစာရေးထံသို့ ပြန်ဆွဲခေါ်သွားပြီး ၎င်းတို့နှစ်ဦးစလုံး ပြဿနာအတွက် တောင်းပန်ပြီး Ayu ကိုလည်း ခွင့်လွှတ်ပေးခဲ့သည်။ နောက်တနေ့မှာ ပြန်ဆုံဖို့ ဆုံးဖြတ်ပြီး Ayu က လိမ်လည်လှည့်ဖျားပါတယ်။
Yuichi သည် အစပိုင်းတွင် မသိသာသော်လည်း သူမေ့သွားသော အခြားမိန်းကလေး သုံးယောက်မှာ သူနှင့်ရင်းနှီးသည်။ ဇာတ်လမ်းတစ်လျှောက်လုံး၊ မြို့၏သဘာဝလွန်သံယောဇဉ်များအကြောင်း သူသိလာသောအခါ Yuichi သည် နှင်းများဖုံးလွှမ်းနေသောမြို့၌ လွန်ခဲ့သော ခုနစ်နှစ်က အဖြစ်အပျက်များနှင့် မိန်းကလေးတစ်ဦးစီကို အမှတ်ရနေပါသည်။
